由于该病根治困难，且容易复发，故治疗方法很多，各种疗法均有其优缺点，医生要合理、灵活应用，主要疗法有：
1、 抗病毒疗法。迄今为止，还没有一种直接抑制或杀灭HPV的药物，这里所谓“抗病毒”，只是某些药物对某一方面或间接地起治疗作用而已，因而单用抗病毒药物是不够的，一般应与其他方法联合使用，或用其他方法除掉疣体后再用，从而达到辅助治疗或减少复发的目的。
⑴聚肌胞注射液
⑵干扰素（IFN）。美国CDC不推荐用IFN，其理由有三：①疗效较低②毒性发生率高。副作用有流感样症状；肌痛、发热、发冷，也有头痛、恶心、疲乏。另外有暂时性白细胞减少和血小板减少以及轻度肝功能异常，三苷升高等（一般在用药时可服扑热息痛来预防，治疗前中、后期定期查血常规、血小板、肝功能、血脂等）。③价格昂贵。
⑶白介素（IL）
⑷无环鸟苷（Acyclovir）。此项国内外均有报道，但疗法并不理想，且用法、用量、用时都无统一意见。
⑸酞丁胺制剂
2、 细胞毒疗法
⑴足叶草脂类制剂
⑵5—氟尿嘧啶（5—FU）
3、 化学腐蚀疗法
⑴三氯醋酸⑵水晶糊（氢氧化钙9g，碳酸钠30g，糯米3g，加蒸馏水至100ml）
4、 组织破坏性疗法
5、 外科手术疗法
6、 免疫疗法
用5％咪喹莫特霜，每晚1次或隔日1次，可防止尖锐湿疣复发
7、 电子束治疗
8、 中医中药治疗
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